Η Μονάδα Φυσιοπαθολογίας της Εργασίας και Επαγγελματικών Νόσων έχει ως στόχο την έρευνα για την αναγνώριση και τον προσδιορισμό των παραγόντων κινδύνου σε εργαζόμενους, την εργονομική αξιολόγηση, την εκτίμηση του ανθρώπινου παράγοντα στην πρόκληση ατυχημάτων και στην ανάπτυξη και εφαρμογή μεθόδων επαγρύπνησης μέσα από την επεξεργασία δεδομένων.
Σκοπός της Μονάδας είναι επίσης η βελτιστοποίηση του συντονισμού δραστηριοτήτων σε διατομεακά θέματα τα οποία απαιτούν καινοτόμες τεχνικές καθώς και η εξέλιξη των μέσων πρόληψης και αντιμετώπισης με προσαρμογή στις υφιστάμενες πρακτικές.
Ορισμένα από τα πεδία στα οποία δραστηριοποιείται η μονάδα είναι η έκθεση σε ίνες αμιάντου, ο επαγγελματικός καρκίνος, ο βιολογικός κίνδυνος για τους επαγγελματίες υγείας, η διαχείριση απορριμμάτων και η επικινδυνότητα για τους εργαζομένους, η μυοσκελετική καταπόνηση, η έκθεση εργαζομένων σε μέταλλα και διαλύτες και οι ψυχοκοινωνικοί και οργανωτικοί κίνδυνοι στην εργασία.