Η Μονάδα Περιβαλλοντικής Παρακολούθησης έχει ως σκοπό την εκπαίδευση και την έρευνα με θέμα την αξιολόγηση της κατάστασης του περιβάλλοντος, την επίδραση των ανθρωπογενών δραστηριοτήτων και των επιπτώσεών τους τόσο στο ίδιο το περιβάλλον όσο και στην υγεία. Συνδράμει στην αξιολόγηση και τη διαμόρφωση πολιτικών για την βελτίωση, εξυγίανση και προστασία του περιβάλλοντος και της δημόσιας υγείας, με στόχο την βιώσιμη ανάπτυξη. Ειδικεύεται στην παρακολούθηση στο πεδίο και στην εργαστηριακή ανάλυση σε ύδατα και απόβλητα, εδάφη και ιζήματα καθώς και ατμοσφαιρικό αέρα.